В 1980-е годы он создал серию Herbarium. На первый взгляд это фотографии растений, похожие на старые научные иллюстрации. Но сами растения были выдуманными. Фонткуберта собирал их из пластика, настоящих растений, костей и других предметов, а затем фотографировал так, будто перед нами реальные образцы из научной коллекции.
Ещё дальше он пошёл в проекте Fauna, который создал вместе с фотографом и писателем Пере Формигерой. Они придумали немецкого учёного по имени Петер Амайзенхауфен и создали вокруг него целый архив. В нём были фотографии, рисунки, документы и свидетельства существования неизвестных животных. Всё выглядело как настоящая научная коллекция.
Один из самых известных проектов Фонткуберты часто связывают с идеей «чужой реальности» и принципом «страннее, чем вымысел» - Stranger Than Fiction. В своих работах он превращает выдуманные истории в фотографии, которые выглядят как настоящие документы, научные исследования или журналистские материалы. Такой подход стал одной из главных особенностей его творчества: Фонткуберта не просто изменяет фотографии, а создаёт вокруг них целые истории, добавляя документы и другие детали, которые делают вымысел убедительным. Проекты Herbarium, Fauna, Karelia и Sputnik по-разному используют этот метод. В результате появляется простой, но сложный вопрос: если фотография выглядит настоящей, почему мы ей верим? Фонд Хассельблад описывает творчество Фонткуберты как многолетнее исследование фотографии, реальности, вымысла и того, как изображения создают впечатление правды.